O DBE oferece as seguintes unidades curriculares:

• Aprendizagem Automática em Bioengenharia;
• Bioengenharia de Células Estaminais;
• Bioengenharia de Sistemas;
• Bioengenharia e Empreendedorismo;
• Biologia Estrutural;
• Biologia Molecular e Genética;
• Bioquímica e Biologia Molecular da Célula;
• Biorefinarias e Bioprocessos;
• Biotecnologia Ambiental;
• Biotecnologia Marinha;
• Biotecnologia Molecular;
• Ciências dos Biomateriais;
• Engenharia Biomolecular;
• Engenharia Bioquímica;
• Engenharia Celular;
• Engenharia de Bioprocessos Integrados;
• Engenharia de Células e Tecidos;
• Engenharia de Orgãos;
• Engenharia de Tecidos;
• Engenharia e Design de Proteínas;
• Engenharia Enzimática;
• Engenharia Genética;
• Fábricas Celulares Microbianas;
• Fenómenos de Transporte em Sistemas Biológicos;
• Fundamentos  de Biossinais e Imagiologia Biomédica;
• Fundamentos de Bioinstrumentação;
• Genómica Funcional e Bioinformática;
• Genómica Funcional e Comparativa;
• Imagiologia Médica;
• Instrumentação e Aquisição de Bossinais;
• Introdução à Bioengenharia;
• Introdução à Engenharia Biomédica;
• Introdução às Ciências Biológicas;
• Laboratórios de Ciências Biológicas;
• Laboratórios de Engenharia Biológica;
• Laboratórios de Engenharia Biológica Integrados;
• Microbiologia;
• Microbiologia Integrativa;
• Microbiomas;
• Princípios de Engenharia de Bioprocessos;
• Processos de Engenharia Biológica;
• Projecto de Engenharia Biológica;
• Projecto em Biotecnologia;
• Projecto em Engenharia Biomédica;
• Projecto em Indústrias Biotecnológicas;
• Reactores Biológicos;
• Regulação do Medicamento e Dispositivos Médicos;
• Separação e Purificação de Produtos Biológicos;
• Sistemas de Gestão da Qualidade I;
• Sistemas e Controlo em Bioengenharia;
• Tecnologia Ambiental;
• Tecnologias Verdes e Estratégias de Decisão;
• Terapia Génica e Celular;
• Tópicos de Bioengenharia.